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Les abeilles sont également en proie à de nombreuses menaces autres que l'homme, mais généralement liées à lui.
Les échanges commerciaux internationaux ont permis l'arrivée d'organismes étrangers, pour lesquels les abeilles domestiques locales n'ont pas encore pu développer de résistance. Elles y sont donc particulièrement vulnérables.
C'est le cas notamment du Frelon asiatique, qui envahit l'Europe depuis 2004. Grand mangeur d'abeilles, il décime les ruches de France et remonte progressivement vers le nord ; il a d'ailleurs déjà été aperçu en Belgique, de manière anecdotique.
Contrairement à sa cousine asiatique qui le côtoie depuis des milliers d'années et a donc appris à le neutraliser, notre abeille domestique locale est sans défense face à ce prédateur.
Le frelon européen, quant à lui, ne pose pas de problème aux colonies.
Plus grave, l'acarien parasite Varroa envahit les ruches, suçant l'hémolymphe (équivalent du sang) des abeilles, occasionant malformations, affaiblissement et maladies qui mènent généralement la colonie à sa perte. Des traitements pesticides existent, et sont employés par les apiculteurs, mais ces produits ne sont pas sans conséquences sur les abeilles.
Les abeilles sauvages, en raison de leurs modes de vie différents, ne sont pas concernées par ces deux menaces.
